Cerita dimulai dengan ancaman terhadap gubernur Tokyo, tetapi pemikiran cepat Conan mencegah kematian ketika terowongan kereta bawah tanah diledakkan....
Kudou Shinichi menjalani hidupnya sebagai Edogawa Conan, tetapi hari-hari itu sepertinya akan segera berakhir. Organisasi hitam mulai mendekati bahaya...