Natsume Takashi, memiliki kemampuan melihat hal yang tidak bisa orang lain lihat. Dia bisa melihat hal-hal gaib seperti Youkai atau Ayakashi. Suatu ketika dia bertemu dengan seekor kucing yang bernama Madara yang merupakan Ayakashi tingkat tinggi alias kuat.
Natsume memiliki Buku Persahabatan (Yuujinchou) yang didalamnya tertulis nama-nama Ayakashi yang didapatkan oleh neneknya Natsume Reiko, seorang perempuan yang memiliki kemampuan yang sama dengan Natsume. Berbeda dengan Reiko, Natsume berniat mengembalikan nama-nama Ayakashi dalam Buku Persahabatan itu. Bersama dengan Madara yang jadi penjaganya, Natsume mengalami masa-masa dengan Ayakashi lain
